Le acusan de presunto delito de gestión desleal y abuso de confianza.
En la investigación está implicado el presidente de la UEFA, Michel Platini, que podría haber cobrado de manera ilegal dos millones de euros de la FIFA.
La Policía ha registrado la sede del organismo.
La noticia llega en pleno Congreso de la FIFA en Zúrich, una cita en la que está previsto preparar la salida de Blatter de la presidencia.
El mandatario deja el cargo en febrero de 2016 tras pasar 18 años en él.
El máximo gobierno de balompié castiga con siete años al expresidente de la federación chilena, miembro del grupo evaluador de los mundiales 2018 y 2022.
Mayne-Nicholls, de inicio crítico con Joseph Blatter, muestra su sorpresa por la sanción: "Me extraña que la FIFA la publicite con recursos pendientes".
La empresa ocupó durante ese periodo unas oficinas en el distrito financiero de Dublín y nunca tuvo trabajadores "directamente empleados" por FIFA.
La compañía se fundó en 2001 para beneficiarse de sus ventajas fiscales de Irlanda y transferir millones de euros a la sede central de la organización en Suiza.
"Ahora que hay gente que va a querer salvarse, probablemente habrá una carrera por ver quién se lanza primero en su contra", según fuentes citadas por la 'ABC'.
Domenico Scala, presidente del Comité de Auditoría y Conformidad de la FIFA, deja abierta la posibilidad de que se adelante la elección del relevo de Blatter.
El suizo, recién elegido, renuncia a la presidencia, pero seguirá en el cargo hasta mayo de 2016, en un congreso extraordinario sin su candidatura.
Blatter toma esta decisión después de las últimas informaciones que salpican a Jerome Valcke, secretario general de la FIFA, en transacciones millonarias.
Federación alemana: "Es absolutamente correcta pese a ser algo tardía. Es realmente trágico que no se haya ahorrado y no nos haya ahorrado esto a todos".
"Sé que algunos me han considerado responsable. No podemos controlar a todo el mundo todo el tiempo", explica el presidente, candidato a la reelección.
"Es necesario empezar a restaurar la confianza en nuestra organización. Hay mucho que hacer para garantizar que todo el mundo tiene una actitud correcta".