Aguilar ingresó en 1974 en el Partido Comunista de España (PCE) , afiliándose a Comisiones Obreras en 1978. Al término de su carrera universitaria -se licenció en 1980 en Derecho por la Universidad de Sevilla-, se integró en la asesoría jurídica del sindicato hasta 1985, año en el que, junto a otros compañeros, montó un bufete dedicado a temas mercantiles, laborales y matrimoniales.

En 1987, y tras ser elegida concejala del Ayuntamiento de Córdoba por Izquierda Unida (IU), abandonó el bufete, y permaneció en dicho cargo durante cuatro años.. Entre 1990 y 1993 fue diputada del Parlamento de Andalucía, y entre 1993 y 2000 fue diputada del Congreso por Córdoba.

Rosa Aguilar fue elegida alcaldesa de Córdoba en 1999 gracias a un pacto con el PSOE, repitiendo en 2003, esta vez ya en solitario al ganar las elecciones municipales con el 41,8% de los votos. En las elecciones municipales de 2007, su candidatura quedó, como en 1999, en segundo lugar, tras el Partido Popular, con un 35,53% de los votos, pese a lo que fue elegida de nuevo alcaldesa gracias a un nuevo pacto con el PSOE.

Postura crítica

Ha mantenido una postura crítica frente a algunas decisiones de IU, como su papel y alianzas en el País Vasco o la postura contraria a la Constitución Europea. Por otra parte, ha sido uno de los apoyos de Gaspar Llamazares y ha mantenido frecuentes enfrentamientos con el PCE. El punto álgido de estos fue cuando se supo que no pagaba sus cuotas del PCE desde hacía un tiempo, por lo que fue dada de baja.

Son conocidas otras posturas suyas comprometidas, como cuando reconoció que había votado a la candidata socialista al Senado, o sus declaraciones en la IX Asamblea Federal de Izquierda Unida en 2008, donde vaticinó el fin de la formación si no se producían cambios.

Aguilar es miembro del Consejo Político Federal, de la Presidencia Federal y de la Comisión Ejecutiva de Izquierda Unida, de la que es responsable de relaciones institucionales, responsabilidad que renovó en la IX Asamblea. Desde 2003 es vicepresidenta segunda de la Federación Española de Municipios y Provincias.